בשנת 2022 (תשפ"ב) נתנאל שלר, מנכ"ל חברותא, נבחר כאחד מ־40 מחוללי ומחוללות השינוי בתערוכת "40×40 משנים מציאות" של שתיל מבית הקרן החדשה לישראל, לציון 40 שנות פעילות הארגון. התערוכה והקטלוג הנלווה לה הוקדשו לדמויות מפתח שהובילו שינויים משמעותיים בחברה הישראלית לאורך ארבעה עשורים. האירוע התקיים במעמד נשיא המדינה, יצחק (בוז'י) הרצוג.
בשנת 2015 (תשע"ה) חברותא זכתה, יחד עם ארגון בת־קול, ב"פרס דרור לשינוי חברתי". הפרס, המוענק לזכרו של איש הפרסום דרור שטרנשוס על ידי הקרן החדשה לישראל ומשפחתו, הוענק לארגונים על קמפיינים בולטים לקידום שינוי בשיח הציבורי.